Στο Μητρώο υποχρεωτικά περιλαμβάνονται Έλληνες ή αλλοδαποί αναγνωρισμένου κύρους εμπειρογνώμονες ή ειδικοί που διδάσκουν σε ομοταγή ΑΕΙ της αλλοδαπής ή ερευνητές σε αντίστοιχα ανώτατα εκπαιδευτικά και ερευνητικά ιδρύματα της αλλοδαπής, κατά προτίμηση με εμπειρία σε θέματα αξιολόγησης ιδρυμάτων ανώτατης εκπαίδευσης.
Μέλη της Αρχής, καθώς επίσης και το ειδικό επιστημονικό προσωπικό, που απασχολείται σε αυτή με οποιαδήποτε σχέση, δεν μπορεί να περιλαμβάνονται στο μητρώο ανεξάρτητων εμπειρογνωμόνων και να συμμετέχουν ως εξωτερικοί αξιολογητές σε οποιασδήποτε μορφής διαδικασία αξιολόγησης.
Το Μητρώο συντάσσεται ύστερα από δημόσια πρόκληση της Αρχής προς τους ενδιαφερόμενους που συγκεντρώνουν τα τυπικά προσόντα όπως αυτά ορίζονται και εξειδικεύονται στην πρόσκληση για κάθε ειδικότητα ή κατηγορία.
Επιπλέον προτάσεις για εγγραφή εμπειρογνωμόνων μπορεί να γίνονται από τα ιδρύματα ανώτατης εκπαίδευσης και την ΕΘΑΑΕ. Η Αρχή σε ειδική συνεδρίαση του Συμβουλίου Αξιολόγησης και Πιστοποίησης αποφασίζει για την έγκριση ή απόρριψη των αιτήσεων.
Η διαδικασία τήρησης και ανανέωσης του μητρώου καθορίζεται με απόφαση της Αρχής, που δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως.
